La planta académica de la Facultad de Zootecnia y Ecología está organizada por Cuerpos Académicos reconocidos por la Secretaría de Educación Pública (SEP), que son grupos de profesores de tiempo completo que cultivan una o varias líneas de investigación en temas disciplinares o multidisciplinares, y un conjunto de objetivos y metas académicos. Las líneas de investigación de un Cuerpo Académico son específicas y temáticamente afines. El Cuerpo Académico participa en redes de colaboración con sus pares en el país y en el extranjero, para fortalecer sus líneas de investigación y los programas académicos en los que participa.
UACH-CA1 Nutrición Animal
UACH-CA3 Tecnología de Productos de Origen Animal
UACH-CA4 Reproducción y Mejoramiento Animal
UACH-CA7 Modelos Econométricos en los Sistemas de Producción Animal y el Medioambiente